药典收载的灭菌方法有湿热灭菌、干热灭菌、辐射灭菌、除菌过滤等，液体产品以最终灭菌方式采用湿热灭菌则是理想的方法。
美国《药品生产验证指南》中提到了一个十分重要的观点，这就是说，去验证一个不合理的系统是没有意义的。验证的试验是有限的，不应当将有限试验数据拼凑成所谓的“验证报告”，为一个设计不合理的系统或方法辩护，从而给产品和患者带来风险。这一风险管理的理念，在欧盟的灭菌方法决策树及注释中得到了充分的体现。
在灭菌方式的选择上，欧盟在药品研发指南注释附录(CPMP/QWP/155/96)阐述的基本原则值得借鉴(参见图3)。
考虑到产品的热稳定性和受热降解等实际情况，尽管不期望会有很多产品能够采用121℃ 15分钟的灭菌程序，但它的基本原则对液体产品灭菌方式的选择有着重要的指导意义。
图3：欧盟液体产品灭菌决策树
除特殊情况外，对液体产品而言，灭菌程序是121℃ 12分钟的程序(过度杀灭程序)，当产品的处方热稳定无法采用这一程序时，则可采用F0≥8分钟的程序。应当指出，过度杀灭法以杀灭微生物作为实现产品无菌的手段，对整个工艺的控制要求较低；而F0≥8的残存概率法的工艺，将防止产品被耐热菌污染放在首位，而不是依赖最终灭菌去消除微生物污染，因此，整个生产流程的工艺控制要求比较严格。
在产品不能采用以上二种程序而不得不采用其他手段时，可参照以上决策树的程序，往下采用最终灭菌方式的替代方法，此时，应采用一切手段最大限度地减少产品灭菌前的生物负荷，按我国现行条件来说，即是采用无菌制造工艺，即便如此，应当理解，产品的无菌保证水平将大为降低。欧盟无菌药品附录第82款提到：就最终灭菌的产品而言，仅采用除菌过滤是不充分的。现行的灭菌法中，蒸汽灭菌应是首选的灭菌法。如果药品不能最终灭菌，可用一孔径为0.22um或更小的除菌过滤器…将药液过滤…，但不能将病毒或支原体全部滤除。应考虑采用某种程度的热力灭菌来弥补除菌过滤的不足。因此，一些实行流通蒸汽灭菌法的小容量注射剂，应参考无菌制造工艺的控制条件，并以流通蒸汽来弥补除菌过滤的不足，提高无菌保证的水平。
本指南认为，包装材料热稳定差不得成为采用无菌制造工艺的唯一理由。生产企业应当将选择适用于某个特定处方的最佳灭菌方法放在首位，然后再考虑选择相应的包装材料。举例来说，某类产品，只要有适当的充氮保护措施，产品完全可在121℃灭菌，达到F0大于12的结果，那么，就没有理由因软袋包装不耐热，而以除菌过滤和流通蒸汽灭菌法取而代之。
当然，也有因容器类型、给药途径和病人对产品的可接受性而选择某一特定类型的容器(如某些眼科用药)，而该容器无法经受最终热力灭菌工艺，这种情况通常是可以接受的。在这些情况下，生产企业有责任继续寻找可接受的替代容器，以便在条件成熟时，采用首选的最终灭菌法。
由于最终灭菌具有最高的无菌保证水平，因此，不得因商业原因而将本来可以采用最终灭菌F0≥8的工艺，以牺牲产品的无菌保证水平为代价，改成无菌制造工艺。
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